Flauta japonesa vertical com 5 buracos, feita da base do caule de bambu, tem cerca de 54,5 cm de comprimento.

A origem e a introdução do shakuhachi no Japão são desconhecidas. Apenas é certo que no século 14 existiu um ancestral de shakuhachi de 5 cavidades. A origem de shakuhachi está ligada ao monge budista Fukeshu, do Período de Morokoshi da China, e no Japão teria sido introduzido por Kakishin, um monge zen-budista da Era Kamakura (1185-1333), mas como não há uma prova circunstancial não se considera como um fato histórico.

Somente a partir do século 17 foi possível confirmar a existência do shakuhachi no budismo Fukeshu. O shakuhachi era utilizado nas três seguintes situações: 1) Fazia parte do culto budista; 2) Mendicância religiosa; 3) Um meio para a prática zen-budista. Nessa época nasceram as músicas zen e para meditação para serem tocadas com shakuhachi, que só os monges tinham permissão para executá-las.